Tháng 5 năm Canh Tý (1600) ba viên Quận công Phan Ngạn, Bùi Văn Khuê, Ngô Đình Nga chạy về hàng nhà Mạc, Nguyễn Hoàng giả thác là đuổi bắt 3 viên Quận công phóng hỏa đốt sạch doanh trại rồi xuống thuyền kéo quân vào Quảng Nam. Kinh thành rối loạn, triều chính nhà Lê chia lìa, lòng người dao động. Trịnh Tùng phải mang Lê Kính Tông rời bỏ kinh đô chạy vào Thanh Hoa.

Cùng lúc, mẹ của Mạc Mậu Hợp[1] tự xưng Quốc mẫu, cùng tông thất nhà Mạc trở về Thăng Long và sai người đón Mạc Kính Cung. Tướng Ngô Đình Nga mang quân lại hàng.[2] Lực lượng của Mạc Kính Cung lại mạnh lên, có vài vạn người.[3]

Tháng 8 năm 1600, Bình An vương Trịnh Tùng lại xuất quân đánh Mạc Kính Cung. Mạc Kính Cung sai quân chặn ở Gián Khẩu. Tướng Lê là Nguyễn Khải đánh tan quân Mạc, xuôi dòng sông Hát tiến xuống. Nhiều quân Mạc bị chết đuối. Mẹ Mạc Mậu Hợp bị bắt và bị giết. Mạc Kính Cung chạy ra Kim Thành. Quân Lê Trịnh chiếm lại được Thăng Long. Đến tháng 9, Ngô Đình Nga cũng bị bắt và bị giết.

Năm 1601, Trịnh Tùng lại ra quân đánh Mạc. Tướng tiên phong bên Lê-Trịnh là Chấn quận công tử trận, phía Mạc cũng bị mất 2 tướng. Hoàng Đình Ái đánh Kim Thành, Mạc Kính Cung bỏ thành chạy lên Lạng Sơn, quân Lê Trịnh phá hủy doanh trại quân Mạc.

Ít lâu sau, Mạc Kính Cung lại ra chiếm đóng Thái Nguyên và Tây Nông. Năm 1609, Trịnh Tùng lại sai Trịnh Đỗ đi đánh Mạc. Kính Cung rút chạy vào núi, quân Lê Trịnh không truy kích được phải rút về. Sau đó Kính Cung lại tiến về Cao Bằng và Kim Thành.

Tháng 11 năm 1621, Trịnh Tùng lại điều quân đánh Mạc. Kính Cung lại bỏ Kim Thành về Cao Bằng, xưng hiệu là Càn Thống. Cùng lúc, cháu gọi Kính Cung bằng chú là Kính Khoan cũng xưng hiệu Long Thái, không theo Kính Cung. Khi quân Lê Trịnh đánh đến Cao Bằng, cả Kính Cung và Kính Khoan đều bỏ chạy. Quân Lê Trịnh rút đi, Kính Cung lại trở về Cao Bằng.